In 1639 leverde Arent van ‘s-Gravesande als stadsarchitect van Leiden het eerste ontwerp voor de Marekerk. Van ‘s-Gravesande vroeg zijn leermeester Jacob van Campen om een oordeel, dat positief uitviel. Wel stelde deze enige wijzigingen voor, zoals het achterwege laten van vensters in de benedenzone, het aanbrengen van festoenen aan de koepeltamboer en de toevoeging van een zuilenportiek voor de ingangspartij aan de kant van de Mare. 

Het daarop veranderde ontwerp diende als uitgangspunt voor de bouw. In 1649 kwam de Marekerk gereed. De kerk is een typisch voorbeeld van protestantse kerkbouw en één van de eersten in Holland die speciaal voor de protestantse dienst werd gebouwd. 

De kerk is een achthoekige centraalbouw met een lage omgang. De uitgezwenkte steunberen zorgen voor een mooie overgang tussen het hoge en lage deel van de kerk. Het zuilenportiek is niet uitgevoerd; in plaats hiervan is een zandstenen fronton naar ontwerp van Huybert Cornelisz. van Duyvenvlucht., zoon van de stadsmeestertimmerman, uit 1657 aangebracht. Het interieur wordt bepaald door Ionische zuilen in de benedenzone en Corinthische pilasters in de tamboer. 

Preekstoel
De preekstoel stamt uit 1649 en is gebaseerd op de preekstoel van de Nieuwe Kerk te Haarlem, die door Jacob van Campen werd ontworpen. Onlangs is de preekstoel na een verzakking op een nieuw fundament geplaatst.